São estudados os seguintes grupos funcionais de microrganismos:
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Microbiota Imunomoduladora
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Microbiota muconutritiva
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Microbiota protetora
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Microbiota proteolítica
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E ainda leveduras e outros fungos, bem como o pH.
Se solicitar o EFMI (Estudo Funcional da Microbiota Funcional) com patógenos, irá ter também acesso aos parasitas, e no EFMI (Estudo Funcional da Microbiota Funcional) ampliado, a alguns vírus e bactérias patogénicas, para além do mencionado anteriormente.